หลังจากสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยแห่งเมลเบิร์น เมื่อ พ.ศ. 2527 กาญจนาก็ได้เริ่มทำงานที่สถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย (AIT)[3] ในปี พ.ศ. 2529 กาญจนาได้เชื่อมต่อระบบโครงข่ายคอมพิวเตอร์เพื่อส่งอีเมลในขณะที่ทำงานที่ AIT ไปยังมหาวิทยาลัยที่เมลเบิร์นและโตเกียว นับเป็นบุคคลแรกที่นำการใช้อีเมลล์เข้ามาในประเทศไทย[4] After establishing connections to the universities in 1987,[5] และได้จัดตั้งการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ตระหว่างมหาวิทยาลัยในปี พ.ศ. 2530 และในปีถัดมากาญจนาก็เป็นคนไทยที่โฮสต์เซิร์ฟเวอร์ ซึ่งเป็นเซิร์ฟเวอร์แรกของประเทศไทยบนเครือข่ายอินเทอร์เน็ต หลังจากนั้นการใช้งานอินเทอร์เน็ต และอีเมลก็ได้ขยายวงกว้างออกไปในสังคมไทย[6] ศาสตราจารย์กาญจนาก็ได้รับเลือกให้เป็นรองอธิการบดีฝ่ายวิจัย ประจำสถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย และเป็นอาจารย์สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ที่สถาบันดังกล่าวมาจนถึงปัจจุบัน

ศาตราจารญ์กาญนาได้ก่อตั้งหน่วยงานต่าง ๆ เพื่อขับเคลื่อนการเติบโตของอินเทอร์เน็ตในประเทศไทย และภูมิภาคเอเชีย ไม่ว่าจะเป็น ศูนย์สารสนเทศเครือข่ายไทย (THNIC) ที่ดูแลบริหารโดเมน .th และ .ไทย มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2531 ซึ่งมีศาสตราจารย์กาญจนาเป็นผู้ดูแลระบบ (แอดมิน) นำโดเมนดังกล่าวขึ้นจดทะเบียนเป็นโดเมนระดับบนสุดตามรหัสประเทศประจำประเทศไทย เป็นผู้ก่อตั้งและผู้อำนวยการห้องปฏิบัติการอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาและวิจัย (intERLab) ที่สถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย และเป็นผู้ร่วมสร้างศูนย์แลกเปลี่ยนข้อมูลอินเทอร์เน็ต (Internet exchange point) แห่งแรกของไทยที่กรุงเทพมหานคร (BKNIX) ในปี พ.ศ. 2556 [1]